Après la défaite du Corps expéditionnaire français en Indochine, les militaires français, à l’instar du colonel Lacheroy élaborent une nouvelle théorie, celle de la « guerre révolutionnaire » ou « guerre subversive »: l’ennemi est au coeur de la population civile, il faut l’identifier et l’éliminer. Cette théorie séduit l’état-major français pendant la guerre d’Algérie et il la met en application pendant la « bataille d’Alger ».
Le 8 janvier 1957, la loi martiale est proclamée à Alger, le général Massu a les pleins pouvoirs. Ses 10.000 parachutistes patrouillent en ville, fouillent à l’entrée des lieux publics. Les quartiers musulmans sont entourés de barbelés; ceux qui y entrent ou en sortent sont fouillés. Le colonel Trinquier fait ficher systématiquement tous les habitants de chaque immeuble, et désigner un responsable de cet îlot. Le responsable doit avertir de tout mouvement, départ ou arrivée. Les arrivants sont systématiquement interrogés pour chercher à détecter des clandestins. Le couvre-feu permet d’arrêter les suspects à domicile, en dehors de toute légalité. Interrogées dans des centres de torture, ces prisonniers « extra-judiciaires » sont ensuite soit exécutés, soit « retournés », soit, dans de rares cas, remis à l’autorité judiciaire puis relâchés pour absence de preuves Les exécutions sont dissimulées d’abord des prétendues tentatives d’évasion, afin de leur donner un aspect légal, puis pratiquées de manière clandestine, les détenus étant jetés à la mer par hélicoptère. Le général Aussaresses, dont l’unité est appelée « l’escadron de la mort » arrête 24.000 personnes en six mois. La torture est massivement utilisée. 3.000 ont disparu
Les méthodes utilisées en Algérie deviennent un modèle de lutte contre les mouvements révolutionnaires. ès la fin des années 1950, les méthodes de la « Bataille d’Alger » sont enseignées à l’École supérieure de guerre de Paris, puis en Argentine, où s’installe une « mission militaire permanente française » constituée d’anciens d’Algérie. Elles sont exportées dès la fin des années 1960 en Argentine, au Brésil, au Centre d’instruction de la guerre dans la jungle de Manaus (où se formaient à la contre-insurrection des officiers brésiliens, mais aussi chiliens, argentins et vénézuéliens) et sur tout le continent américain. Des officiers français participent à la formation, au sein de l’école des Amériques de Panama, de 60.000 officiers des diverses dictatures sud-américaines.
De plus, le général Aussares , ainsi que d’autres gradés, sont accueillis aux États-Unis dès 1961 dans les écoles militaires qui forment les forces spéciales. On retrouve même certains de ces instructeurs à Fort Bragg. Ils auront un rôle majeur dans la conception de l’opération Phoenix lors de la guerre du Vietnam. Ce programme visait à démanteler l’organisation politique civile clandestine de la résistance. Des unités spéciales de 10 ou 20 hommes, commandées par des instructeurs américains, menaient des opérations de renseignements, de capture, de torture et d’assassinat des cadres politiques, des propagandistes et des collecteurs d’impôts. Le nombre de victimes de l’opération Phoenix serait selon les sources, de 20.000 à 40.000 personnes. Lorsqu’en Argentine, en mars 1976, la répression s’abat sur le pays après le coup d’État du général Videla, la plupart des généraux ont été élèves des officiers français. Ces derniers étaient même présents lors du coup d’État comme Servant. Au total, 30.000 personnes jugées « subversives » seront arrêtées, torturées et assassinées entre 1976 et 1982.