Après le coup d’État au Brésil en 1964, la gauche révolutionnaire allait développer une résistance armée qui sera anéantie par une contre-guérilla d’une brutalité extrême : les prisonniers sont abominablement torturés, les exécutions sommaires visent militants et sympathisants, les militants en exil étaient poursuivis et assassinés par les services secrets. Au début des années 1970, la Bolivie, l’Uruguay et le Chili, deviennent des dictatures militaires, alors que le Brésil, l’Argentine et le Paraguay l’étaient depuis des années.
Dès le coup d’État de Pinochet, les services secrets chiliens commencèrent à collaborer avec des services étrangers, notamment argentins et paraguayens. En mai 1975, Jorge Fuentes, membre du Mouvement de la gauche révolutionnaire (MIR, Chili) est arrêté avec Amilcar Santucho, membre de l’armée révolutionnaire du peuple (ERP, Argentine), alors qu’ils tentaient de passer d’Argentine au Paraguay. L’interrogatoire et la torture des deux militants par les services paraguayens furent effectués en coordination avec les services argentins et chiliens, tandis que l’agent du FBI Robert Scherrer suivait l’affaire. Ce sont les prémisses de l’opération Condor.
Le 25 novembre 1975, une réunion des responsables de la police secrète des différents pays, inaugurée par Pinochet, officialise l’opération Condor. Sont présents le général Manuel Contreras (Chili), Jorge Casas (Argentine), le major Carlos Mena (Bolivie), le colonel Benito Guanes Serrano (Paraguay), le colonel José A. Fons (Uruguay) ainsi que deux vétérans brésiliens de la contre-guérilla : le lieutenant-colonel Flávio de Marco, et le major Thaumaturgo Sotero Vaz. Il semblerait que la communication des chefs de services d’espionnage d’Amérique latine qui animaient l’opération Condor, transitaient par un centre de communication de la CIA.
L’opération visait d’abord les militants révolutionnaires : militants du MLN-Tupamaros en Uruguay, du MIR au Chili, de l’ERP et des Monteneros en Argentine, de l’E.L.N. en Bolivie. Le MIR, l’ERP, l’E.L.N. et les Tupamaros avaient créé en 1973 (peu avant le coup d’état de Pinochet) une Junte de Coordination Révolutionnaire, structure de liaison entre différents mouvements guérilleros du Cône Sud. Beaucoup de militants politiques fuyant les dictatures s’étaient réfugiés en Argentine entre la fin 1973 et 1976. Ils seront la première cible de l’opération Condor. Fin 1975, 119 militants chiliens du MIR réfugiés en Argentine sont tués par un escadron de la mort l’« Alliance anticommuniste argentine ». La presse présenta ce massacre comme un affrontement entre révolutionnaires. Plusieurs militants argentins, uruguayens et boliviens sont également assassinés en Argentine cette année là.
L’opération Condor élargira rapidement son actions aux organisations d’opposition non-armée (partis communistes officiels, socialistes, chrétiens-démocrates), syndicalistes, religieux proches des causes populaires, etc. Un ex-président de la Bolivie, un ancien sénateur et l’ancien président de la chambre des députés de l’Uruguay, un ex-commandant de l’armée chilienne, hostiles aux dictatures militaires sont également assassinés, ainsi que deux jeunes diplomates cubains (enlevés en août 1976, torturés puis assassinés, – un rapport du FBI de septembre ’76 contient le rapport de l’interrogatoire).
Henry Kissinger, conseiller à la sécurité nationale US, se rend à Santiago, le 8 juin 1976, pour la conférence annuelle de l’Organisation des États Américains. Il fait un discours public en faveur des droits de l’homme, mais en privé, il prévient Pinochet que le soutien US est complet (le contenu de la conversation fut déclassifié en 1998). Une semaine plus tard, se tient une réunion au plus haut niveau des représentants de Condor, avec onze délégués. Après leur succès contre la gauche révolutionnaire dans le cône sud, les services secrets décident de passer à la « phase 3 » de Condor : des assassinat en-dehors des pays membres. Des tueurs issus d’organisations fascistes locales sont commandités en France, Italie, Portugal, Espagne. C’est ainsi qu’un commando dirigé par le fasciste italien Stefano Delle Chiaie essaie d’assassiner à Rome Bernardo Leighton, ancien vice-président du Chili et l’un des fondateurs du Parti démocrate-chrétien le 6 octobre 1975.
Le coup d’état militaire en Argentine va donner encore plus d’ampleur à cette répression. 30.000 personnes mortes ou disparues en 1975 et juillet 1978. Plus de 140 Urugayens, militants, sympathisants supposés des Tupamaros sont enlevés à Buenos Aires le 29 septembre 1976 par les militaires argentins assassinés ou remis aux services secrets uruguayens. En 1978, l’Équateur et le Pérou se joignent à la coalition. En juin 1980 a lieu la dernière opération connue de l’opération Condor avec l’enlèvement de militants argentins des Montoneros au Pérou.
C’est le scandale lié à l’assassinat de l’ancien ministre des affaires étrangères du Chili, Orlando Letelier, à Washington, le 21 septembre 1976, qui mettra fin à Condor. Les Américains enquêtent pour découvrir les commanditaires de cette opération. Le chef d’antenne du FBI à Buenos Aires émet un rapport décrivant Condor et sa « phase trois », dont certains extraits sont repris par la presse américaine.
L’opération Condor a été une étape très importante dans l’évolution des méthodes de répression et de contre-insurrection. L’un des aspects les plus novateurs est le secret entourant l’opération : la répression s’est organisée dans une discrétion absolue, aucune information ne devait filtrer des centres clandestins de torture et de détention, les victimes étaient achevées et leurs dépouilles éliminées, par exemple en les jetant d’avions dans la mer.