En novembre 2017, trois membres du GIGN sont interceptés à la frontière hispano-portugaise en possession de plusieurs tonnes de munitions et d’explosifs volés à l’unité, destinés à un camp d’entraînement privé. Le commandant de l’époque, le colonel Laurent Phélip, aurait ordonné d’étouffer l’affaire et de rapatrier discrètement les explosifs (jusqu’à 7 tonnes) en désactivant notamment les caméras. Un démineur, Matthieu D., qui avait signalé dès 2016 le laxisme dans la gestion des stocks de munitions (vol facile, conditions de stockage dangereuses), a été muté pour avoir « terni l’image de son unité ». Bien qu’une enquête ait été ouverte en 2020 suite à la plainte de Matthieu D., Laurent Phélip n’a été placé que sous le statut de témoin assisté pour « mise en danger d’autrui », un traitement de faveur. Il n’a reçu aucune sanction et a même été promu. Les trois agents n’ont pas non plus été sanctionnés, leur défense affirmant qu’il est impossible pour le GIGN de travailler en respectant la réglementation.